النظام الأكاديمي 
تم تقديم برنامج الماجستير في هندسة أنظمة المؤسسات في بداية العام الدراسي 2014-2015 بما يتماشى مع الخطة الاستراتيجية لتكييف التكنولوجيا في مجالات المعرفة المختلفة.
ان برنامج ماجستير هندسة نظم المؤسسات هو برنامج مشترك بين جامعة الأميرة سمية للتكنولوجيا والجامعة الألمانية الأردنية، مما يجعله أول برنامج مشترك يطرح بين جامعتين أردنيتين. وهذا يعطي الطالب الفرصة للاستفادة من مرافق وإمكانات ومصادر البحث العلمي المتوفرة في الجامعتين بالإضافة إلى توفر بيئة التنوع الفكري في طرح المادة العلمية وتطوير بيئة البحث العلمي في الجامعتين. نتجت فكرة البرنامج عن مشروع ممول من الاتحاد الأوروبي (تمبوس) بشراكة كل من جامعة الأميرة سمية للتكنولوجيا والجامعة الألمانية الأردنية مع جامعات من الاتحاد الأوروبي ومنطقة الشرق الأوسط.
برنامج الماجستير في هندسة نظم المؤسسات هو برنامج متعدد التخصصات، حيث يتم من خلال تطبيق مجالات المعرفة ومهارات هندسة نظم المعلومات في تصميم وتطوير عمليات المؤسسات والإدارة الاستراتيجية من خلال التركيز على الطرائق والأساليب التي يتم من خلالها موائمة البنية التحتية للتكنولوجيا ونظم معلومات المؤسسات مع عمليات الأعمال التي يتم تطبيقها في مؤسسات الأعمال.
يحتوي البرنامج على مسارين: الرسالة والشامل و يستطيع الالتحاق بهذا التخصص خريجين من تخصصات مختلفة مثل تخصصات التكنولوجيا والهندسة والأعمال.
