بدأ هذا البرنامج في بداية العام الأكاديمي 2014-2015 كبرنامج متعدد التخصصات يطبق التكنولوجيا والمعرفة والمهارات في هندسة نظم المؤسسات. البرنامج مشترك بين جامعة الأميرة سمية للتكنولوجيا والجامعة الألمانية الأردنية، مما يجعله أول برنامج مشترك بين جامعتين أردنيتين. وهذا يسمح للطالب بالاستفادة من مرافق وموارد البحث العلمي في الجامعتين. بالإضافة إلى توافر بيئة من التنوع الفكري في عرض المواد العلمية وتطوير بيئة البحث العلمي في الجامعتين. بدأت فكرة البرنامج من خلال مشروع ممول من الاتحاد الأوروبي (تيمبوس) بالشراكة مع جامعة الأميرة سمية للتكنولوجيا والجامعة الألمانية الأردنية مع جامعات من الاتحاد الأوروبي ومنطقة الشرق الأوسط.
برنامج الماجستير في هندسة برمجيات المؤسسات هو برنامج متعدد التخصصات، حيث يتم من خلال تطبيق مجالات المعرفة ومهارات هندسة نظم المعلومات في تصميم وتطوير عمليات المؤسسات والإدارة الاستراتيجية من خلال التركيز على الطرائق والأساليب التي يتم من خلالها موائمة البنية التحتية للتكنولوجيا ونظم معلومات المؤسسات مع عمليات الأعمال التي يتم تطبيقها في مؤسسات الأعمال.
يحتوي البرنامج على مسارين: الرسالة والشامل و يستطيع الالتحاق بهذا التخصص خريجين من تخصصات مختلفة مثل تخصصات التكنولوجيا والهندسة والأعمال.