النظام الأكاديمي يتشكل مجلس البحث العلمي برئاسة عميد كلية الملك عبد الله الأول للدراسات العليا والبحث العلمي، وستة من أعضاء الهيئة التدريسية في الجامعة ثلاثة منهم على الأقل يحملون درجة الأستاذية والباقي يحملون درجة أستاذ مشارك وعضوين من خارج الجامعة من ذوي الرأي والخبرة ممن لهم صلة بالبحث العلمي.
ويتم اختيار الأعضاء من قبل رئيس الجامعة بناءً على تنسيب عميد كلية الملك عبد الله الأول للدراسات العليا والبحث العلمي.
يتولى مجلس البحث العلمي المهام والصلاحيات التالية:
1- تنفيذ سياسة البحث العلمي في الجامعة وتنظيم شؤونه ودعمه وتشجيعه.
2- توثيق علاقات الباحثين في الجامعة مع مؤسسات القطاعين العام والخاص.
3- دراسة مشروعات البحث العلمي والموافقة عليها، وتعطى الأولوية للمشروعات المشتركة مع القطاعات الصناعية أو الإنتاجية.
4- اعتماد تقارير انتهاء المشاريع المدعومة من الجامعة.
4- مناقشة الموازنة السنوية للبحث العلمي والتنسيب بها إلى المجلس.
5- النظر في إجازة المخطوطات المؤلفة والمحققة والمترجمة بعد دراستها والتوصية بدعم نشرها واقتراح الحوافزالمناسبة للباحثين المتفوقين من أعضاء هيئة التدريس في الجامعة ورفعها للرئيس لإقرارها.
6- مناقشة أمور المتعلقة بالبحث العلمي، والبحث عن مصادر جديدة للتمويل.